A dunai hajózás mindig fontos volt a magyar kereskedelem szempontjából. A XIX. század első harmadában jelentek meg a gőzhajók, amelyek hatalmas forgalmat bonyolítottak le. A XIX. században a hajók az egyre inkább kiépülő Duna-parton, a rakpartoknál kötöttek ki, és rakodták ki az áruikat. A század végére egyértelművé vált, hogy ez a helyzet hosszú távon nem tartható, Budapestnek új, modern, nagy befogadóképességű kikötőre van szüksége. Sok hely felmerült a város déli részén, Budán Lágymányos, a pesti oldalon Ferencvárosnak a Csepel és a Kvassay-zsilip feletti része, valamint a Csepel-sziget. Ferencváros ekkor már fontos kereskedelmi központ volt, az Elevátor, a teherpályaudvar és a közraktárak is itt voltak.

1892-ben a Budapesti Kereskedelmi Iparkamara javaslatára Csepel északi részét választották. A kamara javaslatában olyan kikötő kialakítását javasolta, amely modern, és igény szerint a jövőben bővíthető. A tervezésre a megbízást 1896-ban adták ki. A terveket Gonda Béla, Hoszpotzky Alajos, illetve Sajó Elemér készítette el. Az eredeti tervező, Gonda Béla mind a két Duna-ágat szerette volna használni, míg az őt követő tervező Hoszpotzky Alajos csak a soroksári ágat. Végül Sajó Elemér miniszteri tanácsos vezetésével dolgozták ki a végleges tervet. A soroksári ág használatát elvetették a hosszú zsilipelési idő miatt, és a főágból nyíló kikötő terveit készítették el 1919-ben. Ebben az évben már meg is indult az építkezés, az év végén közel 1300 ember dolgozott a kivitelezésen.

Légi fotó a kikötőről (Fotó: Wikipédia)

1920-ban, Fiume és a tengeri kikötő elvesztésével kiemelten fontos lett, hogy minél előbb elkészüljön az új kikötő. A kisantantállamok kikötői értelemszerűen nem álltak rendelkezésre, ezért olyan kikötőre volt szükség, amelyet a távolsági hajós kereskedelem is tudtott használni. 

A munkálatok nyomán 1925-ben a Petróleumkikötő – ahová az olaj ás az egyéb éghető szállítmányok állhattak csak be – és a Gabonatárház nyílt meg. 1928. október 20-án a miniszterelnök, Bethlen István és Horthy Miklós jelenlétében felavatták a Magyar Királyi Budapesti Vámmentes Kikötőt, amelyről az MTI így adott hírt 1928. október 19-én: 

„Szombaton délelőtt adják át a forgalomnak a Budapesti vámmentes kikötőt. A kikötőhöz két medence tartozik: az egyik a nagy kereskedelmi medence, amely a franciakkal kötött szerződés tárgya volt, a másik a petróleum-kikötőmedence, amelyet közvetlenül a kikötő kormánybiztosság építtetett meg államköltségen. A kikötő megépítésének munkálatai közvetlenül az összeomlást követő időkben érkeztek fordulóponthoz, amikor a Schneider és Társa Francia cég opciót kapott a budapesti kikötőnek és az egész soroksári Dunaágnak, sőt mega Duna-Tisza-csatornának a kiépítésére is. Amikor gróf Bethlen István miniszterelnök felállította a kikötőügyek kormány biztosságát, megindultak a tárgyalások a franciáknak adott opció szűkítésére és egyúttal a kikötő munkáinak lehetővé tételére. Igy jött létre az a szerződés, amelynek révén a kikötő nagyszabású koncepciójában foglalt egyetlen medencének: a kereskedelmi medencének a megépítésével mint fővállalkozó a párisi Schneider és Társa cég bízatott meg; ellenben az ezen medencéhez vezető utak és vasutak kiépítése, valamint a többi kikötőrészeknek: a szénkikötőnek, a petroleumkikötőnek. a soroksári dunaági medencének megvalósítása, továbbá a soroksári Dunaág újból való hajózhatóvá tételének munkája és annak végrehajtása a kormánybiztosság feladata lett. 

A Schneider cég ezzel szemben garantálta egy 15 millió frankos kölcsönnek – a legelső külföldi kölcsönnek, amelyet Magyarország a háború után élvezett – Franciaországban való elhelyezését. 

E szerződés keretében egy magyar–francia részvénytársaság alakult, amely ötvenévi időtartamra koncessziót nyert a vámmentes kikötő üzembentartására is.”

A kikötő forgalma folyamatosan növekedett, és a magyar tengeri kikötő elvesztésével annak részbeni pótlását is biztosítania kellett. Az 1930-as években ugyanis elindult a Duna–tenger hajózás (az első kifejezetten e célból épített hajó a Budapest motoros volt 1934-ben), amely során a Csepelről kifutó hajók a Fekete- és a Földközi-tengerre is eljutottak. 1936-ban a csepeli kikötőt a Lloyd’s intézet felvette a tengeri kikötők jegyzékébe, és a kikötő 1939-ben felvette a Magyar Királyi Nemzeti Szabadkikötő és Tengerhajózási Vállalat nevet is. A Duna–tenger hajózás egészen az 1970-es évekig tartott, azaz addig rendszeresen kötöttek ki tengeri áruszállítók a budapesti kikötőben.