A Duna Európa egyik legjelentősebb vízi útja, és ez így volt gyakorlatilag azóta, hogy az emberek megtelepedtek a Duna völgyében. A gépi hajózás is aránylag korán megjelent a folyón: már 1817-ben haladt gőzhajó rajta, ám Bernhard Antal Carolinája még kezdetleges szerkezet volt, így valódi gazdasági sikert nem is tudott elérni. A rendszeres, megbízható gőzhajózás az 1830-as években jelent meg, és természetesen az egyik fő támogatója és mozgatója Széchenyi István volt.

Teherhajó-kikötő vámhivatali épülete a Lánchíd pesti hídfője mellett, 1873 körül (Forrás: Fortepan)

Pest mindig is fontos kikötőnek számított: ez jelentette a pesti kereskedelem mozgatórugóját. Pesten és Budán ezért a gőzhajóknak megfelelő kikötőhelyeket kellett létesíteni. A szabályozatlan Duna-parton, Budán, a mai Batthyány téren, akkori nevén Felső Piac téren volt kikötő, Pesten pedig a hajóhídnál, a mai Vigadó tér közelében.

A pesti alsó (Rudolf) rakpart, teherhajó-kikötő raktárai. Szemben a Lánchíd, háttérben a Királyi Palota. A felvétel 1880 körül készült (Forrás: Fortepan/Budapest Főváros Levéltára. Levéltári jelzet: HU.BFL.XV.19.d.1.06.012)

Épített kikötők még nem voltak, a rakpartok kiépítésének szükségessége az 1838-as árvíz után vált nyilvánvalóvá. Az első rakodópartokat mégsem az állam, hanem egy magáncég, a kor legjelentősebb dunai hajózási vállalata, a Duna Gőzhajózási Társaság, azaz a DGT vagy német neve után a DDSG építette ki. 1855–59 között a Lánchíd pesti hídfője körül 370-370 méternyi kőpartot építettek, ahol a hajói kiköthettek. 

Kikötő a pesti alsó rakpartnál 1890 után. A Duna túlpartján a Várkert Bazár és a Királyi Palota  (Forrás: Fortepan/Budapest Főváros Levéltára. Levéltári jelzet: HU.BFL.XV.19.d.1.07.161)

A vízi közlekedést (is) szolgálta volna Reitter Ferenc 1867–68-as csatornaterve, amely nagyjából a mai Nagykörút vonalában, egy régi Duna-meder nyomvonalát követve hajózható csatornával kerítette volna körül Pestet, így a hajókkal közvetlenül elérhetővé téve az (akkori) külvárosi üzemeket. E terv azonban nem valósult meg, az árvízvédelmet és a kikötési lehetőségeket a város más módon oldotta meg. 

Teherkikötő a Lánchídnál 1893-ban (Forrás: Fortepan/Budapest Főváros Levéltára. Levéltári jelzet HU.BFL.XV.19.d.1.07.153)

A pesti rakpartok a kiegyezést követően a XIX. század végéig kiépültek. Ezen építményeknek kettős szerepük volt: egyrészt a megemelt Duna-part védték az árvizektől, másrészt valóban arra szolgáltak, ami a nevükben is benne volt, itt kötöttek és rakodtak ki az érkező hajók. Nemcsak a személyszállítók, hanem a teherhajók is. 1899-ben a budapesti rakodópartok hossza összesen 9145 méter volt: a jobb parton 3540, a bal (pesti) parton 5605 méter, és ebben az évben még további 1500 méternyi építését kezdték meg a Margit hídtól északra. A fő árufajta ekkor a gabona volt: ennek kiszolgálására épült meg az Elevátor a Boráros tértől északra, amely a gabonát a hajókból közvetlenül a vasúti vágányokra tudta rakodni. 

Hajókikötő és dunai uszoda a Belgrád (Ferenc József) rakpartnál, háttérben a Tabán és a Királyi Palota. A felvétel 1892 körül készült (Forrás: Fortepan/Budapest Főváros Levéltára. Levéltári jelzet: HU.BFL.XV.19.d.1.07.155).

A század végére azonban a rakpartok elégtelenné váltak. Budapest kereskedelme új, modern, nagy befogadóképességű kikötőt igényelt. A legnagyobb problémát az jelentette, hogy a hajókból a rakpartokra az árut csak kézi erővel lehetett kirakodni, mert megfelelő infrastruktúrát itt nem lehetett kiépíteni. Emiatt a hajóknak akár napokig is kellett várniuk a kirakodásra. Ezt alig enyhítette, hogy a Margit hídtól északra kialakítottak egy darupályákkal ellátott kikötőt a Budapestre darabárukat és építőanyagokat szállító hajók részére. Ez a kikötő egészen 1966–67-ig üzemelt. Az 1930-as évektől tervben volt egy egységes, nagy északi kikötő kiépítése is, de ez csak részlegesen valósult meg, áruszállításra alkalmas kikötő végül nem épült.

A Pesti alsó rakpart az Újvidéki Csavargőzös Vállalat kikötőjével. A Duna túlpartján, a Tabán házai között, a szerb templom és tőle jobbra az Alexandriai Szent Katalin-plébániatemplom. A felvétel 1880 előtt készült (Forrás: Fortepan/Budapest Főváros Levéltára. Levéltári jelzet: HU.BFL.XV.19.d.1.06.016).

Mivel az áruelosztó infrastruktúra a mai Szabadság hídtól délre épült ki, logikus volt a déli helyszín. A Lágymányosi öböl és Ferencváros is szóba került mint lehetséges új kereskedelmi kikötő, de végül Csepelre esett a választás. Az I. világháború után itt nyílt meg a csepeli szabadkikötő, amelynek azonban ekkor már nem csak a dunai kereskedelmet kellett kiszolgálnia. Trianon nyomán, Fiume elvesztésével ugyanis fontos lett, hogy a magyar hajózásnak legyen hazai földön tengeri kikötője. Ennek figyelembevételével az eredetileg a folyami hajózást kiszolgáló kikötőnek szánt új létesítmény tengeri kikötővé „lépett elő”, azaz a Duna-tengerhajózás megjelenésével idáig a speciálisan így épített tengerjáró hajók fel is úszhattak. 

A pesti alsó rakpart, az Újvidéki Csavargőzös Vállalat kikötője. Háttérben a Gellért-hegy. A felvétel 1880 előtt készült (Forrás: Fortepan/Budapest Főváros Levéltára. Levéltári jelzet: HU.BFL.XV.19.d.1.06.008).

A csepeli szabadkikötő megnyitásával a rakpartok elvesztették korábbi kereskedelmi jelentőségüket (bár a legalább ilyen, ha nem fontosabb szerepüket az árvízvédelemben természetesen nem), és az 1930-as évek végén már mint városon belüli lehetséges fő közlekedési útra tekintettek rájuk. Azonban a csepeli kikötő nem minden szerepet vett át a rakpartoktól, hiszen a személyhajók – amelyek egyre fontosabbak lettek – itt kötöttek ki, nemcsak a Bécsből érkező utasszállítók, hanem az Esztergomból és Mohácsról járó kofahajók, amelyek a friss zöldséggel kereskedő kofákat hozták Budapestre. 

Az óbudai téli kikötő (Fotó: Gonda Béla: A magyar hajózás, Budapest, 1899, 114. oldal) 

A dunai személyhajózás felfutásával elszaporodtak a kikötőpontonok: ide kötnek ki a belföldi hajók, a szárnyashajók és a növekvő forgalmat lebonyolító szállodahajók, amelyek egyre nagyobb számban érkeznek Budapestre, és a schengeni övezethez való csatlakozásunk nyomán már nem csak a Nemzetközi Hajóállomáson köthetnek ki.

Teherhajó kikötő és raktárai a Széchenyi (Rudolf) rakparton, a Lánchídról nézve. Szemben a Magyar Tudományos Akadémia. A felvétel 1880–1890 között készült (Forrás: Fortepan/Budapest Főváros Levéltára. Levéltári jelzet: HU.BFL.XV.19.d.1.05.028).

Az elmúlt évtizedekben egy új típusú kikötőre is megjelent az igény, mégpedig a kishajókikötőkre, hiszen egyre több embernek van kisebb-nagyobb motorcsónakja, és a nemzetközi kishajóforgalom, kishajós turizmus is egyre jelentősebb. 

Teherhajó-kikötő és raktárai a Széchenyi (Rudolf) rakparton 18801890 között. Háttérben a Lánchíd és a Királyi Palota (Forrás: Fortepan/Budapest Főváros Levéltára. Levéltári jelzet: HU.BFL.XV.19.d.1.05.050).

A teher- és személyforgalmat lebonyolító kikötők mellett fontosak voltak Budapesten a téli kikötők is, hiszen a jégzajlásos vagy befagyott folyón nem lehet hajózni. Az elsőt Óbudán alakították ki 1835-ben Széchenyi István kezdeményezésére. Újpesten – bár Széchenyi már korábban, 1839-től kezdeményezte itt is a kikötő kialakítását – csak 1857-től építették ki a téli kikötőt. Hasonlóan téli kikötőnek használták a Duna szabályozása nyomán mesterségesen létrejött Lágymányosi-öblöt is.