Az 1241–1242-es tatárjárást követően IV. Béla király levonta a tanulságot, amely szerint a mongol hordát nem tudják feltartóztatni a földvárak. Így sorra épültek fel a Magyar Királyságban a kővárak. Nem volt kivétel ez alól Buda sem: a király elrendelte, hogy a mai Várhegyen építsenek fel egy várfalakkal megerősített várost.

A város királyi alapítású plébániája mellett (Boldogasszony-templom, a mai Mátyás-templom) felépült egy kápolna is, amelyet Szent Mária Magdolna után neveztek el. Az új város lakosságát többségében a betelepített németek adták, de már a kezdetek óta jelen voltak a magyarok is, akik a Szent Mária Magdolna-kápolna környékén telepedtek le. Ám az idő előrehaladtával egyre több és több magyar költözött Buda városába.

Luxemburgi Zsigmond király 1408-ban a székhelyét Budára tette át és ezzel számos főpap és főnemes is ideköltözött. Az ő igényeik kielégítése érdekében számos magyar kereskedő is Budán alakította ki az otthonát. A megnövekedett magyar népesség a XV. század elején kivívta magának, hogy a németekkel egyenrangú jogai legyenek a város irányításában, továbbá a Szent Mária Magdolna-kápolnát plébániai rangra emelték. Ezzel létrejött az önálló magyar egyházközség. 

A XV. század folyamán jelentős változások történtek a templomon is. A XIII. század óta a kápolna egyhajós, egyenes záródású, egészen kicsi épület volt, amely valószínűleg késő román, illetve kora gótikus stílusjegyeket is viselt magán. Azonban ahogyan plébániatemplom rangra emelkedett, a magyar polgárság nagyszabású átalakításba kezdett. A templom háromhajós bazilikás szerkezetet kapott, illetve az épület tengelyére merőlegesen a nyugati oldalon felhúztak egy ötemelet magasságú tornyot is. A XV. század végére a templom szinte teljesen átalakult és késő gótikus stílusjegyekkel volt díszítve.

A gótikára oly jellemző csillagboltozat a templom előterében az 1930-as években (Fotó: FSZEK Budapest Gyűjtemény)

Ám sajnos nem örülhettek sokáig a budai magyar polgárok a megújult templomuknak. A mohácsi csatát követően I. Szulejmán szultán 1526. szeptember 12-én feldúlta és felgyújtatta Budát, majd a város többször gazdát cserélt az I. Ferdinánd és Szapolyai János között dúló hatalmi harcokban.

I. (Szapolyai) János király halálát követően 1541. augusztus 29-én Szulejmán szultán csellel bevette a várost. A városban maradt keresztények csak a Mária Magdolna-templomban tarthattak istentiszteleteket, mivel Buda többi templomát dzsámivá alakították át. Noha ekkor már a budai keresztények többsége a reformáció valamelyik irányzatát követte, sokan hűségesek maradtak a katolikus hitükhöz. Így a templomot meg kellett osztaniuk egy deszkafallal: a szentélyt a katolikusok használták, míg a templomhajót a protestánsok.

A tizenötéves háború kirobbanását követően, 1594-ben a Mária Magdolna-templomot elvették a keresztényektől, és dzsámivá alakították. Az új neve Fetih (Győzelem) vagy Szaát (Órás) dzsámi lett.

Miután az oszmán haderő csúfos vereséget szenvedett Bécs 1683-as ostrománál, az egyesült keresztény seregek védekezésből ellentámadásba lendültek át, és 1686. szeptember 2-án Lotharingiai Károly herceg és Miksa Emánuel bajor választófejedelem irányításával sikerült felszabadítaniuk Budát. Az ostromban a Mária Magdolna-templom súlyos sérüléseket szenvedett el, mivel a védekező oszmánok a torony erkélyén állították fel az egyik ütegjüket. Mégis csodával határos módon a templomból a torony vészelte át a legjobban az ostromot.

Ezt követően megindult Buda betelepítése. A városba elsősorban katolikus németeket telepítettek le, illetve jó néhány szerzetesrend is visszaköltözött. A ferencesek a Mária Magdolna-templom romjaiban az egykori, evangélista Szent Jánosról nevezett templomukat vélték felfedezni (holott az nem itt, hanem a mai Sándor-palota helyén állt), így ők kapták meg a telket, rajta a templom romjaival. Az instabil politikai helyzet (1703-ban Rákóczi Ferenc vezetésével felkelés tört ki) és az anyagi fedezet hiánya miatt az új templom alapkövét csak 1717. április 18-án tudták elhelyezni.

A középkori romok eltakarítása után a ferences szerzetesek egy barokk templomot építettek fel, amely követte elődje tájolását, de nagyobb volt arányaiban. Az eredeti alapokat csak a szentélynél használták fel, és a megmaradt torony is barokk köntöst kapott. A templom szomszédságában épült fel a ferencesek rendháza. Az elkészült templomot 1733. február 8-án szentelték fel.

Az új templom barokk sítlusban épült, 1733-ban szentelték fel. Klösz György fényképe 1895 után készült (Fotó: Fortepan/Budapest Főváros Levéltára. Levéltári jelzet: HU.BFL.XV.19.d.1.07.201)

A ferences kolostor pályafutásának II. József vetett véget. Ugyanis 1782-ben kiadott rendeletével feloszlatta az összes szerzetesrendet, amely nem tanítással vagy betegápolással foglalkozott. A ferences kolostort 1786-ban kellett végleg elhagyniuk a szerzeteseknek, 1787. október 7-én pedig a templomot is bezárták, a berendezését elszállították. A tervek szerint a templomot három szintre akarták osztani, és levéltári funkciót kapott volna.

Azonban II. József hirtelen halála miatt a templom megmenekült. Ezek ismeretében a következő állomás egészen meglepőnek tűnhet. Ugyanis miután ismét felszentelték, 1792. június 6-án itt koronázták magyar királlyá I. Ferencet. Ez nemcsak azért meghökkentő, mivel hat évvel korábban még irattárrá akarták alakítani a templomot, hanem azért is, mert Székesfehérvár 1543-as oszmán elfoglalását követően minden magyar királyt a pozsonyi Szent Márton-székesegyházban koronáztak meg. A koronázási ceremónia alkalmából épült fel a templom főbejárata előtt a copf stílusú előcsarnok fedett kocsifelhajtóval. Ám hiába a jeles esemény, a hívek számára továbbra is zárva maradt a Mária Magdolna-templom.

Ferenc király leteszi a koronázási esküt a ceremóniát követően (Illusztráció: Vasárnapi Ujság, 1892. június 12.)

A következő jeles eseményre nem kellett sokat várni. A francia forradalom jakobinusainak mintájára 1794-ben Martinovics Ignác vezetésével megindult a magyar jakobinusmozgalom kiépítése. A vezetőit hamar sikerült elfogni, és felségsértés vádjával bíróság elé állítani.

Martinovics Ignácot a Mária Magdolna-templomban fosztották meg papi méltóságától, illetve a mozgalom tagjait a szomszédos egykori kolostorban tartották fogva, illetve ítélték el. A halálos ítéleteket 1795. május 20-án hajtották végre a budai Generális-kaszálón, amely azóta a Vérmező nevet viseli.

A templom 1817-ben a budai helyőrséghez került, hogy azt istentiszteleti célokra használhassák. Innen származik az épület másik neve, a Helyőrségi templom.  Ekkor elbontották a fedett kocsifelhajtót, illetve a barokk toronysisakot is ekkor cserélték le a jelenlegi bizánci stílusú tetőre. Továbbá ekkor került be a toronyaljba a keresztelőkút is.

Természetesen ezek mellett felújították az egész templomot is. Szerencsére sikerült kisebb sérülésekkel megúsznia Buda 1849. évi ostromát a Mária Magdolna-templomnak. A kiegyezést követően I. Ferenc Józsefet 1867. június 8-án apostoli magyar királlyá koronázták a Nagyboldogasszony-templomban (a Mátyás-templomban). A koronázási ceremónia után a király átsétált a Helyőrségi templomba, hogy ott aranysarkantyús vitézeket avasson. Mivel a Mátyás-templomot Schulek Frigyes vezetésével 1873 és 1893 között restaurálták (a barokk stílusjegyektől megszabadították, majd gótikus köntöst kapott), a feleslegessé vált barokk főoltárt és berendezést a Helyőrségi templomba vitték át, ahol a helyreállítási munkálatok ideje alatt a budavári plébánia is működött.

A Helyőrségi templom az 1900-as évek elején Erdélyi Mór felvételén (Fotó: FSZEK Budapest Gyűjtemény)

Az 1920-as évek legelején a templom a római katolikus tábori püspökséghez került. A tulajdonossal együtt a templom védőszentje is lecserélődött: Szent János apostol helyét Kapisztrán Szent János vette át, aki egy XV. század közepén élt ferences szerzetes volt, és ő vezette a keresztes csapatokat az 1456-os nándorfehérvári diadalnál. Így érthető módon a Magyar Királyi Honvédség védőszentje is Kapisztrán Szent János lett.

A Mária Magdolna-templom Budapest 1944–1945-ös ostromát követően (Fotó: Fortepan/Képszám: 60135)

A II. világháborúban, ahogyan közeledett a szovjet Vörös Hadsereg, Adolf Hitler erőddé nyilvánította Budapestet. Ez azt jelentette elviekben, hogy a várost az utolsó töltényig és az utolsó emberig védeni kell. Ennek következménye, hogy hazánk fővárosának ostroma az egyik legtovább tartó ostrom volt a második világégés történetében. Ezért is sérült meg olyan súlyosan annyi épület Budapesten, köztük a Mária Magdolna-templom is. A bombatalálatok miatt beomlott a templom tetőzete, és kigyulladt a belseje. A torony is súlyos sérüléseket szenvedett.

A világégést követően még mind a Honvédelmi Minisztérium, mind a tábori püspökség a templom helyreállítása mellett foglalt állást. Így miután felmérték a keletkezett károkat, Lux Kálmán készítette el a helyreállítási terveket, illetve annak költségvetését, amelyet elfogadtak. Lux a templom belső terét és a hajók külső homlokzatát is az eredeti barokk stílusban állította volna helyre. Ezzel ellentétben a toronnyal más tervei voltak: kibontotta volna a befalazott gótikus ablaknyílásokat és a harang formájú toronysisak helyett a középkorra emlékeztető gótikus, csúcsos sisakot tervezett a torony tetejére.

Ám eközben kiépült a kommunista diktatúra, amelynek szúrta a szemét a templom Magyar Királyi Honvédséghez köthető múltja, illetve megszüntették a tábori püspökséget is. Mivel a templom fenntartó nélkül maradt, félbemaradt a templom helyreállítása és 1950-ben megkezdődött az épület elbontása. Egyedül a középkori eredetű torony esetében érvényesült a műemlékvédelem: 1952-ben Csemegi József építész vezetésével kibontották a befalazott gótikus ablakokat, leverték a vakolatot, illetve konzerválták a maradványokat.

A Mária Magdolna-templomból csak a torony maradt meg, napjainkban kilátóként üzemel (Fotó: Both Balázs/pestbuda.hu)

A következő évtizedekben több ásatás is volt a templom területén. Továbbá a középkori szentély mentén felállítottak egy méretarányos, gótikus csúcsíves ablakot, hogy szemléltessék a középkori templom méreteit. A megmenekült toronynak sokáig kerestek funkciót: működött már benne kiállítótér és ajándékbolt is. Napjainkban Buda Tower névvel kilátóként működik.

A Mária Magdolna-templom visszaépítése többször is felvetődött. Legutoljára a 2000-es évek elején merült fel, hogy a templomot modern stílusban visszaépítik, ám ebből nem lett semmi. Aki ma a helyszínre látogat, a romkertben látható maradványokból is tisztán kiveheti, milyen impozáns és tekintélyt parancsoló épület magasodott egykor a Kapisztrán téren.

Nyitókép: A Mária Magdolna-templom a Kapisztrán téren. Klösz György fényképe 1900 körül készült (Fotó: FSZEK Budapest Gyűjtemény)