Mária Terézia Budára költöztette a korábban Nagyszombatban működő egyetemet, ez Buda és Pest jelentőségét nagyban megnövelte. A költözés hatalmas vállalkozás volt, azt gondosan készítették elő. Valójában 1774-ben, amikor a kérdéssel komolyabban foglalkozni kezdtek, eleve az volt a terv, hogy az egyetem Pestre költözzön, a hatalmas és félig-meddig kihasználatlan Invalidusok Házába (ma itt működik a Fővárosi Önkormányzat), de végül a kérdés megvizsgálásra kiküldött bizottság úgy találta, hogy olcsóbban lehet működtetni az egyetemet Budán, a szintén nagy méretű, de kihasználatlan királyi palotában. Így az egyetem 1777-ben Budára költözött, és ugyan már abban az évben meg is indult a tanítás, de a teljes költözés csak 1780-ban fejeződött be.

Azonban a következő uralkodó, II. József egészen mást gondolt Pestről és Budáról, mint Mária Terézia. József ráadásul személyesen is jól ismerte a két várost, rendszeresen járt itt, látta Pest gyors fejlődését, ezért mindent elkövetett, hogy a város kulturális színvonala is növekedjen. II. József az egyetem működését is szorosan figyelte, rendeleteivel, utasításaival állandóan alakította a tanmenetet, a belső szerkezetét, 1781-ben és 1783-ban is meglátogatta az intézményt. (Ezzel párhuzamosan zajlott az egyetem működésének, az oktatás színvonalának a felmérése, mert a királyhoz olyan információk jutottak el, hogy gond van a színvonallal, de a vizsgálatot vezető Ürményi József végül nagy, kirívó gondokat nem talált.)

A budai palota a XVIII. században (Forrás: FSZEK Budapest Gyűjtemény)

II. József 1783-ban Budának és Pestnek az országban betöltött szerepét jelentősen megváltoztatta. A király ugyanis úgy döntött, hogy Budát valóban kormányzati központtá teszi. Nem maga kívánta áthelyezni a székhelyét, hanem „csak” kormányzati szerveket kívánt Budára költöztetni. Ide helyezte át Pozsonyból a Helytartótanácsot, a Magyar Kamarát, a főhadparancsnokságot, Pestről pedig a Királyi Kúriát. 

A király a budai várpalotában nem találta megfelelőnek az egyetemet, ezért 1783 végén elrendelte, hogy az egyetem Pestre költözzön. A költözés júliusában, a tanév végével kezdődhetett meg. Az egyetem Pesten több épületet is megkapott. A bölcsészkar a Curia utcába a Kúria – a legfelsőbb bíróság volt épületébe – költözött, ez az épület már nincs meg, a XIX. században lebontották.

A jogi kart a volt pálos kolostorba, az Egyetem tér 1–3. alá költöztette, ennek a helyén áll ma a jogi kar új, 1900-ban átadott épülete. Az orvosi kar az Újvilág utcába költözött, ma ez az utca nem véletlenül a Semmelweis nevet viseli, míg az egyetemi könyvtárat a volt ferences kolostorban helyezték el. Azért kerülhettek az egyetem épületei kolostorok helyére, mert II. József a „haszontalannak vélt” szerzetesrendeket feloszlatta, vagyonukat elkobozta.

Az egyetemi kórház is költözött, mégpedig a klarisszák kolostorába, amelyet át kellett alakítani e célra. Az egyetemi kórházi funkciót addig a Széna téren álló, egykori régi Szent János kórház töltötte be, ám amikor ezt az intézményt 1783-ban meglátogatta II. József, olyan rossz állapotokat talált, hogy a klinikát azonnali hatállyal – akkor még ideiglenesen – a várban helyeztette el.

A palota a csillagvizsgáló toronnyal, a csillagvizsgáló Budán maradt (Forrás: A Budavári séták című könyv képanyaga)

E költözés eredménye lett a mai Füvészkert létrehozása, mert az egyetem botanikus kertje is eredetileg Budán volt, a mai Krisztina tér és a Déli pályaudvar közötti területen, ám ez is költözött, de még nem a mostani helyére, hanem a Ferencesek kolostorkertjébe, ami a mai Kossuth Lajos utca és a Reáltanoda utca közötti területen volt.

Nem minden egyetemi részleg költözött át, Budán maradt a csillagvizsgáló és a nyomda is, ahogy az egyetem gimnáziuma is.

II. József ráadásul az egyetem országos jellegét azzal is elismerte, hogy az addigi, 1780-ban adományozott Budai Királyi Egyetem nevet megváltoztatta, de nem „Pesti”-re, mert az egyetem neve ettől kezdve királyi rendelettel Magyar Királyi Egyetem lett.

Nyitókép: Az egyetem központi épülete a XIX. század elején a mai Egyetem téren, Leopold Zechmeyer metszete Carl Schwindt rajza után