Az 1944-es pusztítás után a Közlekedési Múzeum munkatársai azonnal nekiálltak a mentésnek és az intézmény újjászervezésének. Azonban annak ellenére, hogy a károk nem voltak végzetesek, a helyreállítás csúszott. A muzeológusok hangyaszorgalommal próbálták megőrizni, megmenteni, rendbe hozni a háború alatt megsérült, majd a háború után különböző helyekre szállított műtárgyállományt, és azokat bemutatható állapotba hozni. Mivel az intézmény szervezetileg akkor a MÁV-hoz tartozott, az épület részleges helyreállítását a vasúttársaság kezdte meg, munkaszobákat és egyéb helyiségeket alakítottak ki a romos épületben.

Az 1954-ben lebontott kupola még a háború előtti állapotban (Fotó: FSZEK Budapest Gyűjtemény) 

A Fővárosi Tanács azonban 1954-ben az épület bontásáról döntött, ugyanis ekkor egy új múzeumot készültek építeni Lágymányoson. A bontást 1954-ben meg is kezdték, a 67 méter magas kupolát teljesen elbontották, ám ekkor a MÁV vezérigazgatója javasolta, hogy maradjon meg a félig elbontott épület, és a megmaradt részekben alakítsák ki az új Közlekedési Múzeumot. Minimális anyagi ráfordítással megkezdődött az épület helyreállítása, és úgy tervezték, hogy 1957-re el is készülnek. Azonban a történelem közbeszólt, azt 1956-os forradalom és az utána következő időszak a helyreállítást elodázta. Időközben a múzeum munkatársai a Közlekedéstudományi Egyesület támogatásával 1959-ben kissé provokatív, „Közlekedési Múzeumért” címmel kiállítást rendeztek a romos épületben, ami a nagyközönség figyelmét is felkeltette.

A Közlekedési Múzeum eredeti épülete egy színezett rajzon (Forrás: MMKM)

Mészáros Balázs – a múzeumot ekkor vezető Mészáros Vince fia, később maga is a múzeum főmuzeológusa – ezt írta a múzeum ekkori történetét bemutató cikkében, amely A Közlekedési Múzeum Évkönyve 10 című kiadványban jelent meg, A Közlekedési Múzeum története és vezetőik életútja 1896–​1996 között címmel:

„Már 1960 januárjában a tárca 7 millió forintot bocsátott rendelkezésre, s a munka folytatására kijelölte a MÁV Budapesti Magasépítő Főnökségét. Ezen időponttól kezdve az építkezés öt esztendőn keresztül- bár különböző ütemben, konfliktusokat sem nélkülözve megszakítás nélkül folyhatott egészen befejezéséig.”

Az építkezés és az új kiállítás kialakítása 1966-ra lett kész. Az új múzeum sok mindenben eltért a régitől. Hiányzott a kupola, a díszek, de kapott a „Hosszcsarnok” egy galériát, az épületben volt fűtés, voltak munkaszobák (1944 előtt se fűtés, se állandó szakmai személyzet nem dolgozott a múzeumban), és nemcsak tárgyakat mutattak be, hanem archívum és könyvtár is létesült, így valódi kutatómunka folyt a falak között.

Az épülő múzeum (Fotó: Mészáros Balázs/A Közlekedési Múzeum története és vezetőik életútja 1896–1996 között – A Közlekedési Múzeum Évkönyve 10.)

Természetesen a felújtás az 1960-as évek színvonalán valósult meg, az ablakok szigeteletlenek voltak, a hűtés, szellőzés nem igazán volt megoldott, a muzeológusi munkaszobákban nyáron akár 35-40 fok is lehetett (e sorok írójának személyes tapasztalata alapján).

A múzeum „új" épületének makettje az Autó-Motor című lap 1966. március 21-i számában

A megnyitó nagy érdeklődést váltott ki. A Magyar Nemzetben az akkori közlekedési miniszter, Csanádi György 1966. április 3-án ezt írta:

„Az újjáépített Közlekedési Múzeum kapuinak megnyitása azért örömteli ünnep számunkra, mert szakmánk kultúrájának megtestesítőjét üdvözölhetjük benne. A Közlekedési Múzeum jelentősége mégsem mérhető egyetlen szakma igényeivel, mert fővárosunk lakossága, sőt országunk egész népe, idősebbek és fiatalok egyaránt olyan régóta hiányzó létesítményt kaptak benne, amely a közlekedés témáival ugyan, mégis teljes műszaki kultúránk fejlesztésére hivatott.

Ma már közhelyszámba megy, ha arról beszélünk, hogy mennyire nélkülözhetetlen a közlekedés és milyen fontos a népgazdaságban. A második világháború pusztítása nyomán, amelynek a többi között a Közlekedési Múzeum is áldozata lett, a közlekedés hiánya fájdalmasan érzékeltette nélkülözhetetlenségét.”

Az ünnepélyes megnyitóra tehát 1966. április 2-án, szombaton került sor, a nagyközönség a múzeumot 1966. április 3-án, vasárnaptól látogathatta délelőtt 11 és este 7 óra között.

A jeles eseményre a Magyar Posta különbélyeget adott ki. A látogatók megcsodálhatták a kiállított régi autókat, 1:5-ös mozdonymodelleket (amelyek olyan pontosak, hogy azok alapján az eredeti mozdony teljesen visszaépíthető), vasúti járműveket és sok minden mást.

A múzeum kiálltása 1966-ban (Fotó: Fortepan/Magyar Rendőr) 

A múzeum megnyitásához igazodva Budapesten rendezték meg a közlekedési muzeológusok második nemzetközi tapasztalatcseréjét, amelyen 6 ország küldöttei vettek részt.

A régi-új múzeum kiállításáról Czére Béla, a múzeum megnyitáskori főigazgatója ezt írta a Közlekedéstudományi Szemle 1966. évi 11. számában:

„Az alapvető realitás, amivel számolni kellett: a rendelkezésre álló kiállítási terület nagysága és építészeti tagoltsága. A régi múzeumi épület adottságainak felhasználásával kialakított új épület lényegében 4 főrészből áll, amelyek közül a legkisebb alapterületű »üzemi« szárny kiállítási célokra egyáltalán nem jöhet tekintetbe. Önálló kiállítási egység elhelyezésére alkalmas a 625 m2 területű kupolacsarnok és az összesen 2162 m2 alapterületű galériás hosszcsarnok, míg az előadóterem — amely az előcsarnokkal együtt 215 m2 nagyságú esetenként kisebb célkiállítások számára vehető igénybe. Ily módon az összes kiállítási terület 3002 m2 (200 m2-rel nagyobb, mint a régi Múzeumé volt), s ez már eleve megszabja, hogy a Múzeum gazdag anyagának mindig csak egy része — váltakozó tematikájú kiállítások keretében kerülhet bemutatásra.”

Ezek a korlátok a múzeum itteni működésének végéig fennálltak, annak ellenére, hogy 1985-ben a Petőfi Csarnok emeleti részét, 1987-ben pedig új épületszárnyat kapott a múzeum. A 2010-es évekre a ház maga „elfáradt”, egyre nehezebb volt üzemeltetni, például az akadálymentesség csak részben volt megoldható. A régi Közlekedési Múzeum végül 2015-ben bezárt, majd az épületet lebontották.

A múzeum belső tere (Fotó: Autó-Motor, 1966. március 21.) 

Jelenleg a színfalak mögött készül az új, sokkal nagyobb Közlekedési Múzeum, amely új helyszínen, az Északi Járműjavító Diesel-csarnokában fog megnyílni, olyan kiálltással, amely a világ vezető közlekedési múzeumai közé emeli a budapesti intézményt.

Nyitókép: A Közlekedési Múzeum régi épülete a 2000-es években (Fotó: MMKM)